2006年3月20日,亳州市中级法院作出一审判决,认定杨茂军犯故意杀人罪,判处其死刑,剥夺政治权利终身。杨茂军不服提出上诉后,4月25日,安徽省高级法院以“部分事实不清,证据不足”为由,裁定撤销原判,发回重审。8月29日,亳州市中级法院第二次开庭审理此案,维持一审原判,杨茂军仍然不服提出上诉。11月20日,安徽省高级法院裁定驳回上诉,维持原判,并依法核准杨茂军死刑。就在亳州市中级法院送达裁定书时,杨茂军提出要检举他人犯罪。12月31日,亳州市中级法院以“罪犯杨茂军检举他人犯罪”为由,书面报请对杨茂军暂缓执行死刑。2007年1月10日,安徽省高级法院批复同意。
此后,该案一直久押不决,安徽省检察院有关部门多次进行督办和监督。2011年3月7日,安徽省高级法院决定对本案进行再审,并裁定撤销原一、二审裁判,发回重审。8月26日,亳州市中级法院作出一审判决,第三次以故意杀人罪判处杨茂军死刑,剥夺政治权利终身。
杨茂军在法定期限内提出上诉。案件进入二审程序后,安徽省检察院立刻派人依法从速办理。
案件承办人通过认真审查全案证据、诉讼材料并进行调查后认为,杨茂军虽然在供述上有反复,但从口供变动轨迹以及案件证据情况来看,可以认定其实施了故意杀人行为;杨茂军虽然一再检举他人参与作案,但从查证情况以及常理和逻辑上分析,杨茂军实为借谎言企图减轻罪责,免除一死。2011年11月23日,安徽省高级法院开庭审理此案,出庭检察员发表出庭意见认为,本案主要犯罪事实清楚,证据确实、充分,建议合议庭驳回上诉、维持原死刑判决。12月28日,安徽省高级法院就此案进行宣判,采纳检察机关意见,裁定驳回杨茂军上诉,维持原判。